Le microtome est un instrument qui permet de réaliser des coupes dans des tissus animaux ou végétaux inclus dans de la paraffine. Le corps du microtome est équipé d'un porte-échantillon, d’un système de vis double permettant de positionner et d’affiner l’angle de coupe et d'un rasoir fixe en acier (ici manquant). Cet appareil est également équipé d’un ressort qui permet de faire de l’avancement automatique de microns pour la coupe de la paraffine. L'appareil est commandé manuellement à l’aide d’une roue qui permet d’avoir une inertie de mouvement. On a ici un système de coupe en série, à chaque passage l’objet monte. Il passe alors sur le fil du rasoir. Les coupes obtenues sont montées entre lame et lamelles pour observation au microscope.